实际操作上，税款将由航空公司和船运公司等企业征收。日本目前在机票中加入了机场设施使用费，新税计划采用同一方法。全日空表示，针对今后可能需要进行的系统修改“将达到何种规模，目前正在详细调查”。

　　日本各大旅游公司也在探讨应对措施。专注欧洲旅行的阪急交通社预计会将税款与旅游套餐商品的费用分开，单独征收。该公司目前就是将机场税与旅游费用分开显示，单独进行征收。

　　旅游预算增加等引发担忧，国会上针对新税的用途会扩大到哪些领域提出了各种问题，比如“能否用于人手不足的海关人员的人工费”、“是否还可以用于包括博彩设施在内的综合型休闲场所”等。

　　本副财务相木原稔透露，政府对“2019年以后的用途将在今后再讨论”，但企业方面强调，“既然导致负担增加，希望让消费者可以切实从中受益”。日本大型廉价航空公司的一位高层表示，“希望用于改善机场设备和操作流程”，比如使用生物认证简化海关手续等。