国税地税合并后如何划分职责和设置机构呢？国家税务总局扬州税务干部学院原副院长涂龙力认为，分税制的核心是以税种归属划分中央与地方的税收收入，征收机构设置是组织税收收入一种模式，税种归属与机构设置之间并无内在必然的逻辑联系。1994年选择分设两套征收机构是当时国情决定的。

　　涂龙力表示，国税地税合并后如何设置机构顺利承担两大职责是一难点，必须厘清两个问题：首先，非税收入征管职责范围界定。目前，地税机关尚未承担全部非税收入的征管责任，如果全部承担，这将是一项繁重而复杂的协调与征管职责，难以操作，至少应当分步推进;其次，如何设置执法机构，大概有三种方案可供选择：一是按征收与捡查两大职能设置征收局和稽查局（名称待定）。二是按税收收入属性设置中央征收局（中央税与共享税）与地方征收局（地方税与非税收收入）名称待定。三是按征收对象性质设置税收征收局与非税征收局（名称待定）。无论那种模式均由国家税务总局垂直管理。